1、投资范围不同。
债券基金的投资对象是主要是各类债券，包括企业债，政府债，公司债、可转债等等。一般来，80%以上的基金资产投资于债券的，就叫“债券基金”。如果基金100%投资于债券，那么又叫“纯债基金”。
货币基金只能投资于货币市场工具。货币市场工具主要是指到期日不足1年的短期工具，包括大额存单、央行票据，债券回购等等。
2、适用人群不同。
债券的风险较低，因此债券基金一般也被认为是收益和风险都适中的投资工具。货币基金的风险更低，而且流动性好，但是长期收益率低。最常见的货币基金就是余额宝，目前收益率在4%左右。只能作为暂时存放资金的场所，长期收益率低，不适合进行长期投资。
3、申购与赎回不同。
在申购时间和费率上，二者也有很大不同。货币基金的认购费率为0，但是货币基金会从基金费用中提取不高于0.25%的服务管理费用。另外，货币基金的基金净值固定在1.00元/份，超出1元的部分会分红，且每日分配收益。债券型基金债券型基金的认购费用一般在1%以下，单位净值每天都有变化。
4、投资对象不同。
债券基金主要投资债券，部分还可投资股票;货币基金主要投资国库券、大额银行可转让存单、商业票据、公司债券等货币市场短期有价证券。
5、风险收益不同。
债券基金的风险比货币基金高，预期收益也高;货币基金几乎没有风险，因此收益也低。
6、购买费用不同。
债券基金除少部分没有认/申购费和赎回费外，一般有认/申购费及赎回费;货币基金无认/申购费及赎回费。
7、到帐时间不同。
短债型基金赎回的到帐时间和货币基金相同，普通债券基金赎回，资金到帐时间为T+5个工作日;货币基金赎回，资金到帐时间为T+2个工作日。 债券基金比货币基金的收益高，但风险也比较高。
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